Cảnh sát cũng cho biết, đã xác định vụ nổ là do một quả bom tự chế gây ra
Bom tự chế nổ làm rung chuyển ngôi đền nổi tiếng Nhật Bản Lực lượng cảnh sát nhanh chóng được điều động Theo đài NHK, cảnh sát phát hiện một lỗ thủng trên trần toilet kể trên cùng với một cục pin và cọng dây chì, nghi ngờ là một phần của thiết bị nổ.
 
Nhận định ban đầu thì đây có thể là một hành động khủng bố liên quan tới các tranh cãi về vấn đề đền Yasukuni, nơi thờ những người Nhật Bản thiệt mạng trong Chiến tranh Thế giới lần thứ hai, trong đó có một số tội phạm chiến tranh hạng A. 
Yasukuni enshrines 14 convicted Class-A Japanese war criminals during the World War Two and is considered as the symbol of the country's past militarism
Một số quốc gia Châu Á luôn có hàm ý phản đối lại ngôi đền Yasukuni do nó là biểu tượng của tội ác trong quá khứ của quốc gia này.
 
Cũng vì ngôi đền, mối quan hệ của Nhật đối với các quốc gia láng giềng như Hàn Quốc, Trung Quốc luôn trong căng thẳng. Bom tự chế nổ làm rung chuyển ngôi đền nổi tiếng Nhật Bản Cảnh sát kiểm tra mọi vật dụng khả nghi có bom tự chế.
 
Ngay sau khi vụ nổ xảy ra, cảnh sát Nhật Bản đã điều động một đơn vị phá bom chuyên nghiệp đến ngôi đền để kiểm các các vật thể bị tình nghi chứa bom nhưng chưa nổ. Reuters cho hay ngôi đền chưa có phản hồi về vụ việc, còn cảnh sát Tokyo đang điều tra.